ก่อนปี 2561 ระบบการตรวจสอบสินค้าอาหารนำเข้าจะอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของหน่วยงานหลักคือ “สำนักงานควบคุมคุณภาพตรวจสอบและกักกันโรค (AQSIQ)” แต่หลังจากวันที่ 18 มีนาคม 2561 เป็นต้นมา AQSIQ จะถูกลดบทบาทและปรับเปลี่ยนให้มีหน่วยงานที่ตั้งขึ้นใหม่เข้ามาทำหน้าที่แทนเพื่อแก้ปัญหาการทำงานซ้ำซ้อนของหน่วยงานต่างๆ ที่มีอยู่เดิม รวมถึงการตรวจเข้มสินค้านำเข้ามากขึ้น หน่วยงานใหม่จะมีอำนาจเบ็ดเสร็จเด็ดขาดและขึ้นตรงต่อรัฐบาลกลาง

หน่วยงานหลักที่จะเข้ามาดูแลด้านความปลอดภัยสินค้าเกษตรและอาหารนั้น ได้แก่ กระทรวงศุลกากรจีน (General Administration of Customs of China: GACC) ซึ่งจะทำงานประสานกับ 3 หน่วยงานหลักที่ทำงานร่วมกัน คือ 1) คณะกรรมการสาธารณสุขแห่งชาติ (National Health Commission: NHC)  ที่มีอำนาจหน้าที่ตรวจสอบเชื้อโรคสัตว์และพืชที่นำเข้ามาในประเทศจีน  2) สำนักงานตรวจสอบและจัดการตลาดแห่งชาติ (State Administration of Market Regulation: SAMR)  กำกับดูแลเรื่องความปลอดภัยด้านอาหารและสินค้าดัดแปรพันธุกรรม และ 3) กระทรวงเกษตรและกิจการชนบท (Ministry of Agriculture and Rural Affairs: MARA) ร่วมกันร่างกฎหมายและกติกาที่เกี่ยวกับการนำเข้าพืชและสัตว์ รวมทั้งทำข้อตกลงระหว่างประเทศในการส่งพืชและสัตว์เข้าประเทศจีน