อันตรายที่สำคัญและก่อให้เกิดความเสี่ยงในห่วงโซ่อาหารหลัก 4 กลุ่มของประเทศไทย ได้แก่ กลุ่มปศุสัตว์และผลิตภัณฑ์ กลุ่มสัตว์น้ำและผลิตภัณฑ์ กลุ่มผัก ผลไม้และผลิตภัณฑ์ กลุ่มธัญพืช ถั่วเมล็ดและผลิตภัณฑ์ ได้แก่ จุลินทรีย์ชนิดก่อโรคทางเดินอาหาร สารปฏิชีวนะ ตกค้าง สารเคมีป้องกันและกำจัดศัตรูพืชตกค้าง สารพิษจากเชื้อราอะฟลาท็อกซิน และสารเคมีอื่น ๆ ซึ่ง สรุปเป็นภาพรวมได้ดังนี้